从N端到C端的FLAG标签的肽序列为：DYKDDDDK（1012 Da）。它可以与其他亲和标签结合使用，例如多组氨酸标签，HA标签或myc标签。它可以与蛋白质的C端或N端融合。一些市售抗体（例如，M1 / 4E11）仅在表位位于N端时才识别该表位。但是，其他可用的抗体（例如M2）对位置不敏感。
Protein Ark还提供3X FLAG肽，它也是23个氨基酸残基（2862 Da）的合成肽。在肽中，Asp-Tyr-Lys-Xaa-Xaa-Asp基序重复3次。C末端的八个氨基酸组成经典的FLAG序列（Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys）。
